藥物治療學特論這門課是結合藥理學與治療學的內容，從藥物作用機制的基本原理包括藥效學、藥動學的考量，到臨床使用的選擇與效果的評估，來達到有效、安全及個別化用藥的目的。授課老師多為有臨床經驗的醫師或藥師。
因為學生在大學時已有類似課程，因此本課程不再以單向的介紹那些藥物治療那些疾病，而是採雙向性的互動方式，在上課前一週發給學生問題，讓學生在一週內自行做作業找答案。到了上課時，由老師引導問問題，當學生回答後再針對學生的思維繼續發問。有時問題並無單一答案，主要在訓練學生在遇到臨床病例時的思考。